Проект был создан Кристианом Веллером и Фридрихом Гранером, композиторами и продюсерами в области электронной музыки. По примеру проектов Enigma и Era, они совместили грегорианские хоры с электронной музыкой. От своих аналогов по жанру E Nomine отличалось более жесткой и ритмичной электронной основой. Поверх записи был наложен текст, читаемый актёром Кристианом Брюкнером. Эти тексты представляют собой религиозные рассуждения и цитаты из Библии.
Дебютный альбом Das Testament, изданный на лейбле Polydor в 1999 году, имел большой успех. Сингл с него на трек Vater Unser (Отче наш) достиг четвёртого места в хит-параде в Германии и первого — в Австрии.
Второй альбом Finsternis был выпущен в 2002 году. Он был продан в количестве 160 тыс. экземпляров и достиг третьего места в чартах. В альбом были включены видеоклипы на композиции и комментарии к ним, озвученные менеджером группы Сенадом Гиччиком. Затем E Nomine перешли на Universal Records и выпустили третий альбом die Prophezeiung, а затем сборник das Beste aus… Gottes Beitrag und Teufels Werk.
После выхода сингла das Böse в 2005 году, E Nomine фактически прекратили какую-либо деятельность, хотя официально о распаде так и не было объявлено. В 2008 году Кристиан Веллер объявил, что проект E Nomine по-прежнему существует и работает над новым материалом. Был записан сингл Heilig, но из-за проблем с изданием материал с него распространяется только через интернет.