Теодоракис родился 29 июля 1925 года на греческом острове Хиос. С детства он проявил интерес к музыке, свои первые песни стал сочинять, еще не умея играть на музыкальных инструментах. В возрасте 17 лет организовал хор в городе Триполис на полуострове Пелопоннес.

Во время Второй мировой войны Теодоракис участвовал в Движении Сопротивления. На крупной демонстрации 25 марта 1943 года во время нацистской оккупации Греции он был арестован итальянскими фашистами и подвергнут пыткам. Теодоракису удалось бежать в Афины, где он вступил в отряд Греческой народно-освободительной армии (ЭЛАС). Во время гражданской войны в Греции (1946−1949) композитор был схвачен властями и отправлен в ссылку на остров Икария, а затем помещен в концлагерь на острове Макронисос, где также подвергался жестоким пыткам и избиениям, что привело к частичному параличу.

Освободили его по требованию общественности как инвалида.

В 1949 году Теодоракиса отправили для оздоровления на остров Крит, а в 1950 году он вернулся в Афины, где окончил консерваторию по классу композиции. Затем он получил государственную стипендию и с 1954 по 1959 год учился в Парижской консерватории. Живя во Франции, много сочинял. К этому периоду относятся камерные прелюдии и сонатины, симфонические произведения и три балета.

В 1959 году композитор вернулся в Грецию. Он организовал оркестр в Афинах и Музыкальное общество в Пирее.

В апреле 1967 года вскоре после путча, устроенного профашистской хунтой «черных полковников», Теодоракис был вынужден присоединиться к единомышленникам в подполье. Хунта запретила его музыку, а вскоре композитор попал в тюрьму, где провел пять месяцев.

В 1968 году его освободили под давлением мировой общественности и отправили в ссылку, но уже в 1969 году поместили в концлагерь Оропос под Афинами. За него снова заступились всемирно известные деятели культуры, в частности Дмитрий Шостакович, Артур Миллер, Лоуренс Оливье, Ив Монтан и другие.

В конце концов, Теодоракис был освобожден и уехал в Париж в апреле 1970 года. В изгнании он устраивает концерты в пользу борцов с хунтой. После ее падения в июле 1974 года Теодоракис вернулся в Грецию.

В 1980-х и 1990-х годах Теодоракис несколько раз избирался в парламент, в течение 2,5 лет занимал пост государственного министра, потому ушел на пенсию. Он создал Движение независимых граждан под названием «Искра». Неоднократно принимал участие в различных митингах в Афинах.

Микис Теодоракис — автор многочисленных симфоний, камерных произведений, а также популярных песен и танцев в народном стиле (циклы «Лирика», «Дионис», «Федра», «Море» и др.).

Именно Теодоракису принадлежит авторство музыки к показанному в фильме «Грек Зорба» танцу сиртаки, который после его выхода на экраны стал самым популярным греческим танцем в мире и одним из символов Греции.