я тоже столкнулся с такой проблемой как только приобрёл более качественные аппараты и акустику, давно уже пишу с rutracker в качестве флак, хай рес, и пока слушал всё через сд ямаха, ресивер ямаха, и акустику елтакс ничего подобного не замечал, как только поменял на качественные приборы, стали заметны щелчки, и даже какие то резкие, внезапные звуки... например последний раз с такой проблемой я столкнулся прослушивая Kari Bremnes в песне A Lover In Berlin, уже записал, слушаю, и вдруг начались щелчки, такие неприятные, высокочастотные, сначала решил, что бракованный СД попался, потом перепугался, думал мои KEF C7 накрылись, выкинул этот СД, переписал всё на новый СД, и на новом оказалось то же самое, в том же месте, те же щелчки, обрадовался, что с АС всё в норме ) прослушал эту песню на компе несколько раз, все чисто, нет щелчков, в общем для себя сделал вывод - чем лучше, чувствительней аппаратура, тем заметней будут различного рода дефекты записи, и не важно во флак скачиваешь, или HI Res, от этого не уйти, да и что тут говорить, если даже не скачанные записи, а магазинные LP или СD иногда попадаются с дефектами, к слову сказать у меня до сих пор лежит CD David Sylvian - Everything and Nothing в котором есть такой неприятный, ощутимый скачок в одной песне... так что, это не только ваша проблема, поэтому надо закрыть на это глаза (уши), тем более не так часто это случается...